致理书院是清华大学为落实国家“强基计划”于2020年成立的五大书院之一，承担“强基计划”中数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、信息与计算科学等专业的人才培养工作。致理书院依托清华理学学科强大的教研资源，面向国家重大战略需求，打造书院特色培养体系，实现宽厚基础课程、精深专业课程、创新科研实践等培养环节的有效融合贯通，旨在培养过程中夯实基础、拓展通识、促进交叉、强化创新。
日新书院
日新书院负责历史学、哲学、汉语言文学和古文字学方向的本科人才培育工作，其中哲学入选教育部基础学科拔尖计划2.0基地。
未央书院
未央书院主要负责“强基计划”数理基础科学（含工程衔接方向）专业的理工双学位本科人才培养。着重突出数学、物理学等基础学科在学生未来发展中的支撑引领作用，结合对学生在工程衔接方向的志趣引导，在国家亟需而清华一流的工程专业方向上，发挥清华大学的工科优势，积极探索“理+工”双学位的本科育人新方式，规模化培养数理基础扎实，发展潜力深厚，创新能力突出的理工结合的复合型人才。
探微书院
探微书院承担化学生物学（含工程衔接方向）专业的人才培养工作。探微书院以“厚植基础、增进国力”为己任，发挥清华大学在化学和生物学理科及相关工科的育人传统和科研优势，打造化学生物学及其相衔接领域的教育、科技和产业领军人才。
行健书院
行健书院负责理论与应用力学（含工程衔接方向）专业的人才培养。行健书院秉承清华大学“培养肩负使命追求卓越的人”之育人目标，依托精心构建的书院培养体系，涵养创新思维，拓展成长空间，“力”助学生行健致远。聚焦智能科技、航空航天、先进制造和国家安全等关键领域，培养有志于服务国家战略需求的“宽口径、厚基础、广交叉、重创新”领军人才。
新成立五大书院
求真书院、为先书院
2021、2022年清华大学先后成立求真书院、为先书院，旨在培养数学科学领军人才和工科创新人才，“数学领军计划”和“数学英才班”全部纳入求真书院统筹实施，由丘成桐先生担任院长。求真书院也是每年数学竞赛、物理竞赛和信息学竞赛的大佬聚集地。
秀钟书院
2023年成立的秀钟书院致力于培养可持续发展领域科技创新领导者、绿色产业开拓者和全球治理推动者以现代科技解决可持续发展面临的基础性、战略性问题。
笃实书院、至善书院
2024年6月6日清华宣布成立笃实书院、至善书院，两个书院将于今年启动招收首批本科生。
笃实书院将充分整合航天航空学院、工业工程系和软件学院的教育教学资源，以大国重器和重大工程为深度实践场景，通过开放的课程体系、融合的系统实践和个性化的培养方案，帮助学生夯实数理基础、掌握智能技术、建立系统思维，成长为新一轮科技革命和产业变革的引领者。
至善书院将以社会科学学院为主，汇集五道口金融学院、公共管理学院、新闻与传播学院、教育研究院等原先不承担本科生培养任务院系的师资力量，加强与信息学科的交叉融合，建立“大社科”课程体系，构建“社会科学+AI”培养体系，助力学生积淀人文素养、培育科学精神、拓展国际视野、提升创新能力，成长为数智社会的引领者。
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